Die Pflanzenwelt des NSG Königsbrücker Heide wird von der Vielfalt der im Gebiet vorkommenden Lebensraum-

typen geprägt. Zudem treten eigene regionaltypische Vegetationseinheiten auf. So können sich in diesem Großschutzgebiet aufeinander treffende östliche und westliche Florenelemente vermischen. Ursache dafür ist der subkontinentale Klimacharakter, der eine subatlantische Klimatönung aufweist.

Gegenwärtig ist eine Ausbreitung auch seltener Pflanzenarten wie der Wiesenschwertlilie oder des Lungenenzians auf voneinander entfernt liegenden Standorten zu beobachten.